随着改革不断深入，合规不起诉制度在刑法教义学上面临的困境日益突出。如果仅对轻微单位犯罪案件适用该制度，则改革意义十分有限。如果把合规整改视为对企业的严管，固然符合教义学解释，却无法有效发挥该制度应有的功能。为响应实践中改革迫切的理论需求，解决实践中企业“重大犯罪”合规不起诉、单位责任和责任人责任分离等情况对传统刑法教义学产生的冲击，有必要在坚持罪刑法定原则的基础上对传统刑法理论进行创新，为企业“重大犯罪”合规不诉提供教义学依据。
一、基于刑事政策需求与公共利益考量
近年来，我国司法呈现轻缓化趋势，基于宽严相济的刑事政策，在个人犯罪领域实行少捕慎诉慎押、认罪认罚从宽等制度，在单位犯罪领域探索合规不起诉制度既是大势所趋，也是顺应刑罚宽缓主义的时代产物。正因为企业合规与宽严相济的刑事政策高度契合，为更好地发挥合规预防和惩治犯罪、优化司法资源配置、化解社会矛盾的功能，理应对企业“重大犯罪”合规不诉。
从公共利益角度考量，以下三个理论支持企业“重大犯罪”合规不诉。第一，水波理论。对企业起诉就像往湖中投入石子，激起的层层涟漪将波及其他环节的利益相关者，导致企业员工下岗、股东股票大跌、投资者资金亏损、以及生产链上下游商家利益严重受损。第二，基于公共利益考量。该理论认为对企业起诉，乃至定罪判刑，无疑会对企业生产经营造成不利影响，从而致使当地税收下降、工人失业，严重影响当地经济发展以及社会秩序稳定。因此，为保护公共利益，应当允许符合条件的企业进行合规整改。第三，法益修复理论。该理论认为相较于罚金刑，合规整改的制裁效果更强。因为在合规整改过程中，企业不仅要停止犯罪行为、缴纳罚款、税款、上缴违法所得、赔偿被害人损失，还要积极配合调查、修复犯罪对受损法益的破坏等等。在减轻犯罪造成的社会危害后果同时，还能实现犯罪预防，上述因素叠加使得合规成为替代传统定罪量刑更好的手段。
综上所述，对企业“重大犯罪”合规不诉，既符合司法轻缓化的趋势，也有利于维护国家与社会公共利益。将企业犯罪的社会危害性降到最低的同时，有利于企业长远发展与壮大。此时，检察机关扮演的角色不仅是追究犯罪的公诉者，更是社会公共利益的维护者。
二、从刑罚理论视角厘清单位与自然人区别
理论上对于刑罚目的有三种说法：绝对报应刑论、预防刑论、相对报应刑论。首先，报应刑论所指的“报应”是基于犯罪人所承担之责任产生的报应。对于报应刑而言，巨额的罚款和一定程度的刑事责任足够实现对企业的报应。而直接起诉会使企业丧失平等的市场竞争资格，会产生不良社会效应。其次，预防刑是基于犯罪主体的预防必要性大小所确定的刑罚，可以细分为面向犯罪人的特殊预防和面向社会一般人的一般预防。从一般预防角度说，刑法规定对犯罪企业的刑事处罚会对潜在、有刑事风险的企业产生威慑；从特别预防角度说，外部刑罚手段不能提高企业刑事风险防范理念，也不能督促建立自我管理与风控机制，会导致原有的刑事风险一直存续。而合规不起诉制度可以同时起到一般预防和特殊预防的作用。一方面，合规不诉激励企业针对特定风险建立防控机制，预防企业自身风险，使得一般预防的效果以该企业为中心辐射到与该企业联系密切的企业与个人；另一方面，合规不诉制度使企业构建有效合规体系，降低涉罪企业再次犯罪可能性，实现特殊预防。最后，对企业合规不诉符合法益恢复理论，也有利于企业继续生产经营，而自然人显然不能适用这一理论，如果该追诉的自然人不追诉，会丧失司法公正性，也无法实现刑事诉讼法“惩罚犯罪，保障人权”的目标。
三、重新审视《刑法》第31条“双罚制”的规定
理论界关于单位犯罪是一个犯罪主体还是两个犯罪主体一直争议不断。现行司法实践，更倾向于采取第二种立场，这种立场也更符合企业刑事合规中将企业责任与个人责任分离的需求，亦符合刑事合规的基本理念。
英国的同一视理论认为，应当将特定的自然人犯罪视为单位犯罪，进而处罚单位。例如，单位的法定代表人实施逃税行为，应当视为单位逃税，从而追究单位的刑事责任。根据该理论，单位犯罪以自然人犯罪为前提。美国的刑事替代责任理论认为，法人应当对其代理人或雇员在其代理或雇佣的职务范围内实施的犯罪行为承担刑事责任。还有学者提出组织模式理论，即没有介入特定的自然人，也应当将单位本身作为处罚对象。例如大型企业排出的废水污染环境，即使不能追究任何自然人的刑事责任，也可以追究单位的刑事责任。有学者认为，我国刑法对单位犯罪的规定是同一视理论与组织模式理论的结合。
根据《刑法》第31条，单位责任人不具有独立的责任主体资格，刑事责任的认定应当从属于单位，这与司法实践通常将单位与责任人分离定罪的做法不符。笔者认为，基于两个犯罪主体的立场，结合现行司法实践有必要从教义学角度对《刑法》第31条的双罚制进行解读。单位犯罪的两个行为主体分别是责任人和单位，对应两个独立意志即责任人意志和单位意志。单位决策机关或直接责任人的意志即为单位意志，责任人需要对自己的行为承担独立责任。
根据上述解释，《刑法》第31条真正含义应为“单位犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员依据其个人行为追究刑事责任，判处刑罚。”
综上所述，通过对《刑法》第31条补正解释既符合立法本意，又与两个犯罪主体的立场契合，实现在双罚制前提下对单位责任与个人责任的分割，避免责任人以单位犯罪为开脱自身罪责的手段，也符合当前企业刑事合规“放过企业，严惩个人”的改革理念，实现对单位与自然人追诉分离、审判分离的意图。
随着企业合规不起诉制度改革的推进，学界对该项制度的研究从最初中外制度介述与分析，转向对本土改革试点经验的总结与反思。一项制度要得到更广泛推行，需要对其理论根基和价值基础进行探讨。只有充分确认合规不起诉改革的正当性，才能从司法机关、涉案企业、社会公众各方面获取不竭的动力支持。本文通过进一步明晰合规不起诉改革的运行规律和理论基础，有助于消除各界对企业“重罪不诉”的质疑，对改革实践具有指导意义。同时，在重大单位犯罪中，通过对违法违规的责任人进行实质性处理，对企业完成合规计划建设等非刑罚制裁方式进行改造，有利于产生良好的社会效应，具有超越罚金刑的制裁效果。
